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    SMN1基因外显子缺失检测试剂产品审评现状

    发布时间:2018-10-24
    浏览次数:6538

           脊(jǐ)髓(suǐ)性肌萎缩症(zhèng)(spinalmuscularatrophy,SMA)是一(yī)种常染色体隐性遗(yí)传病,居儿童致死性常染色体隐性遗传病的(de)第2位。位于染色体(tǐ)5q11.2~q13.3上的运动神经元存活基(jī)因(Survivalmotorneuron,SMN)是SMA的主要致(zhì)病基因。

      人基因组有两(liǎng)个紧邻(lín)的高度同源的SMN基因:端粒侧的SMN1和着丝粒侧的SMN2,两者仅(jǐn)有5个碱基不(bú)同。SMN1是主要功(gōng)能基因(yīn),该基因突变可导致(zhì)SMA发(fā)病,SMN2为临床表型(xíng)的调(diào)节基因,影响病情的严(yán)重程度,其拷(kǎo)贝数增加可减轻SMA表型(xíng)。目前已知约94%的SMA患者(zhě)为SMN1基因第7和(或)第8外显(xiǎn)子纯合缺失所致,少数病例(lì)可由SMN1基因点突(tū)变或小的(de)缺失引起。

      SMN1基因外显子缺失检(jiǎn)测的意义(yì)

      SMA在人群中(zhōng)的发病率为(wéi)1/5000~1/10000,群体携带者频率为(wéi)1/35~1/50,是出生缺陷的高危因素,因(yīn)此极有必要进行SMA携带者的人群筛查,并通过(guò)产前诊断技术降低人群中SMA患儿的出生(shēng)率(lǜ)。

      临床上将SMA分(fèn)为Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ型,即婴儿型(xíng)、中(zhōng)间型和少年型(xíng),严(yán)重程度依次递(dì)减。神经专科医生一般根据患者(zhě)发病年(nián)龄、临(lín)床表(biǎo)现及病(bìng)情(qíng)进展程度进(jìn)行临床诊断,辅助检查方法包括肌电图、肌酶和肌肉活检,结合家族(zú)史和SMN1基因分析可进(jìn)行(háng)确诊。由于SMA患儿中约94%为SMN1基因外显子纯合缺失,因(yīn)此,SMN1基(jī)因缺失检测对于SMA的诊断具有更高的(de)灵(líng)敏度和特异性。且对(duì)不(bú)同(tóng)型的(de)SMA患者,SMN1纯合(hé)缺(quē)失率没有(yǒu)显著差异,所以(yǐ),SMN1纯合缺失的检测对于不(bú)同型SMA患(huàn)者具(jù)有相同的临(lín)床诊断价(jià)值。在(zài)欧美(měi)人群中,SMN1基(jī)因纯合缺失检测已成为诊(zhěn)断(duàn)和排除诊断SMA的首选方法。

      SMN1基因缺失检测试剂的现状(zhuàng)

      目前(qián),SMN1基因外显子缺失检测试剂较为缺乏,临床(chuáng)检验实验室较为公认的方(fāng)法是PCR结合限制性片段长(zhǎng)度(dù)多态(tài)性(PCR-RFLP)的方法。但该方法操作较(jiào)为繁琐,且重(chóng)复(fù)性差(chà),不利于标准化,不易推(tuī)广(guǎng)。同(tóng)时,这种方法(fǎ)只(zhī)能检测出(chū)纯合缺失,无(wú)法确认杂(zá)合缺(quē)失。

      荷兰的SMAMLPA检测试(shì)剂可对待测靶序列进行半定(dìng)量(liàng)分析,因此既(jì)可检测纯合缺失,亦可(kě)确认(rèn)杂合(hé)缺失。在国内外已有多篇文(wén)献报道采用该(gāi)方法进行(háng)SMA患者诊断(duàn)和SMA携带(dài)者筛查。但该产(chǎn)品(pǐn)目前仍为“仅(jǐn)用于研究”的试(shì)剂,尚未(wèi)按照体外诊断类医疗(liáo)器械上市(98/79/EC)。

      2015年底,原国家食品药品监管总局批(pī)准了第一项SMN1缺失突变检测试剂上市。该(gāi)产品采用(yòng)多重实时荧(yíng)光MGB-TaqMan探针PCR法,以人基因组单拷贝基因RPP40为内参基(jī)因,对SMN1基因第7外显(xiǎn)子和(hé)第8外显(xiǎn)子拷贝(bèi)数进行相(xiàng)对定量(liàng)检测(cè),用于SMA患(huàn)者的体外辅助分子诊断。SMN1基因(yīn)外显(xiǎn)子缺(quē)失检测的难点之一(yī)在于排(pái)除高同源性基(jī)因SMN2的干扰,特别是对于(yú)SMN2高拷(kǎo)贝(bèi)数的受试者,需(xū)保证结果的准(zhǔn)确(què)可靠。该(gāi)产品通(tōng)过对实(shí)时荧(yíng)光PCR相对定量、绝对定量技术(shù)进行系统整合,并在反应体系中(zhōng)加(jiā)入特(tè)定化学(xué)组(zǔ)分(fèn),以抑制PCR引物3’端的胞嘧啶(C)与胸腺嘧啶(T)的错配,增(zēng)加(jiā)PCR扩增(zēng)的特(tè)异(yì)性,从而有效控制(zhì)SMN2基因非特异性(xìng)扩(kuò)增对检测(cè)结果的(de)影响,准确(què)检出高(gāo)拷贝数SMN2样本中SMN1基因第7和第8外显子的缺(quē)失情(qíng)况。

      鉴于国内外尚无任(rèn)何按照体外诊断试剂批准上市的SMA分子诊断产品,因此(cǐ)临(lín)床试验(yàn)方案中依据EMQN关于《SMA分子诊断(duàn)最佳(jiā)实(shí)践指南》,采用了国内外SMA体外辅助分子诊断领域公认的PCR-RFLP法作为对(duì)照方法。临床试(shì)验共完成(chéng)1069例,其中正(zhèng)常(cháng)对(duì)照组777例,SMA病例组(zǔ)292例,统计分析结果显示申报(bào)产品与对(duì)比方法检测结果(guǒ)的一致性为100%(95%置信区间:99.66%~100%)。此外,9747例正常成年(nián)人大样(yàng)本中目标外显子△△Ct分布(bù)范围(wéi)的(de)调查亦显示,该产品(pǐn)的纯合突变(biàn)判(pàn)断界值设置合理。

      该(gāi)试剂目前批(pī)准的预期用途仅包含(hán)纯合缺失的检测,尚不能(néng)用于杂合缺失的检测,因此无法(fǎ)用于SMA携带者的筛查,这是该产品的缺陷之(zhī)一(yī)。

      事实上,该产品(pǐn)在设(shè)计上已考虑到SMA携带者的检(jiǎn)测,其检测原理是以待测(cè)样本中目(mù)标外显(xiǎn)子(zǐ)荧光信号Ct值与(yǔ)内参基因荧(yíng)光信号Ct值之差(△Ct_s),与(yǔ)正常(cháng)对照品三个梯度稀(xī)释品中目标外显子荧光信号Ct值和内参基因荧光(guāng)信号(hào)Ct值之差的平均值(△Ct_a)之差(chà),即△△Ct,作为待测样本(běn)中目标外显子拷贝数检测变(biàn)量(△△Ct=△Ct_s-△Ct_a)。根据实时荧光(guāng)定量PCR相(xiàng)对定量的基本(běn)数(shù)学原理推导得到(dào)申报产品检(jiǎn)测变量△△Ct的计算公式,依据这一计算公式可推(tuī)导出(chū)纯合缺失、杂合缺(quē)失和野生型的△△Ct理论值(或范围);再结合(hé)目标(biāo)外显子与内参基因扩增效率(lǜ)差异(yì)以及SMN2不同拷贝数的影响,可对上(shàng)述△△Ct理论值(zhí)进行(háng)优化。结(jié)果显示纯合缺失、杂合缺失和野生(shēng)型的(de)△△Ct值(或范围)之间可设置合理的判断界值(zhí),因此理论上(shàng)该产品可分别检(jiǎn)测出三种基(jī)因(yīn)状态(tài)。但鉴于生产企业对杂合缺失与野生型之间的判断界值研究尚不透彻,再加(jiā)上缺乏可判定杂合(hé)缺失的对比方法等其(qí)他(tā)困难,本次注册申请的预(yù)期(qī)用途(tú)仅限于检测(cè)纯合突变(biàn),即SMA患者辅助诊(zhěn)断。

      综上,SMN1基因外显子缺失(shī)检测(cè)在SMA疾病诊断(duàn)和SMA携带(dài)者筛查中具有重要的临床价值。然(rán)而到目前为止(zhǐ),受到技术水平的限制,相关的体外诊断试剂(jì)比(bǐ)较缺乏(fá),特别(bié)是可用于SMA携带者筛查的杂合缺失检测,尚(shàng)无适(shì)合的体外诊断试剂上市。(器审中心审评六部  何(hé)静云)

    来(lái)源:中国医药报

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